Pemberontakan Pemerintahan Revolusioner Republik Indonesia (PRRI)/ Perjuangan Rakyat Semesta (Permesta)

Dengan adanya beberapa pemberontakan menyebabkan semakin memburuknya keamanan dalam negeri. Pada akhir tahun 1956 beberapa Panglima yang ada di daerah-daerah membentuk dewan-dewan. Di Sumatra Barat berdiri Dewab Banteng yang dipimpin oleh Kolonel Achmad Hussein. Di
Medan berdiri Dewan Gajah yang dipimpin oleh Kolonel Simbolon. Di Palembang berdiri Dewan Garuda dibawah pimpinan Letnan Kolonel Barlian. Di Menado berdiri Dewan Manguni yang dipimpin oleh Kolonel Ventje Samual. Dewan-dewan tersebut ternyata memberikan dukungan terhadap daerah-daerah yang akhirnya menjurus pada sparatisme. Munculnya sparatisme tersebut disebabkan oleh terjadinya ketidak seimbangan keuangan antara pusat dan daerah. Terjadi kecemburuan sosial dan ekonomi karena sumber keuangan yang berasal dari daerah mengalir ke pusat di Jakarta.

Pemerintah pusat mencoba menyelesaikannya dengan jalan damai. Pada tanggal 14 September 1957 dilakukan Musayawarah Nasional (Munas) dan Musayawarah Pembangunan (Munap) dalam rangka memecahkan masalah pusat dan daerah tersebut. Dalam musyawarah itu terdapat keinginan kuat daerah untuk menang sendiri sehingga sulit untuk dicarikan kesepakatan. Peristiwa lain menyertai dua bulan kemudian ketika terjadi usaha pembunuhan terhadap Presiden Sukarno yang dikenal dengan peristiwa Cikini. Presiden selamat tetapi beberapa pelajar yang tidak berdosa mengalami cedera akibat granat yang dilempatkan oleh kelompok ekstrim agama.

Pada tanggal 10 Februari 1958 ketua Dewan Banteng Achmad Hussein mengeluarkan ultimatum kepada pemerintah pusat agar Kabinet Juanda mengundurkan diri dalam waktu lima kali 24 jam. Menghadapi ultimatum tersebut pemerintah pusat mengambil tindakan tegas dengan memecat secara tidak hormat para perwira yang duduk dalam dewan-dewan tersebut. Kapala Staf Angkatan Darat
ketika itu Mayor Jenderal A.H. Nasution pada tanggal 12 Februari 1958 mengeluarkan perintah untuk membekukan Komando Militer Daerah Sumatra Tengah. Pada tanggal 15 Februari 1958 Achmad Hussein menyatakan berdirinya Pemerintahan Revolusioner Republik Indonesia (PRRI) dengan Syarifuddin Prawiranegara sebagai Perdana Menterinya. Untuk memulihkan keamanan negara, maka pemerintah menghadapi dengan jalan operasi militer. Upaya penghancuran ini dilakukan dibawah komandan Kolonel Achmad Yani. Tujuan yang ingin dicapai adalah mencegah meluasnya sparatisme kedaerah lain dan juga mencegah agar tidak ada bantuan asing untuk gerakan tersebut.

Kekuatan asing diperkirakan akan melakukan intervensi dengan dalih untuk melindungi kepentingan modal dan warga negara asing yang ada di Riau dan Sumatra Timur. Itulah sebabnya gerakan TNI pertama-tama ditujukan ke Pakanbaru. Dari pakanbaru operasi dikembangkan menuju pusat pertahanan pemberontak dan pada tanggal 4 Mei Bukittinggi dapat direbut kembali.

Proklamai yang dilakukan tangal 15 Februari di Padang oleh Achmad Hussien itu rupanya mendapat sambutan dari wilayah Indonesia bagian timur Indonesia. Di Sulawesi Utara muncul gerakan Perjuangan Rakyat Semesta (Permesta) yang dalam perjuangannya juga menguasai Sulawesi Tengah. Gerakan ini dipimpin oleh Letnan Kolonel Ventje Samual. Dalam rangka menumpas gerakan ini pemerintah menbentuk komando operasi „Merdeka“ yang dipimpin oleh Letnan Kolonel Lukminto
Hendraningrat. Operasi merdeka ini dilancarkan pada bulan April 1958 di Sulawesi Utara. Gerakan ini ternyata mendapatkan bantuan dari negara asing. Ini terbukti setelah menembak jatuh pesawat udara yang dipiloti oleh A.L. Pope warga Amerika Serikat pada tanggal 16 Mei 1958. Pemberontakan kemudian dapat dilumpuhkan pada Agustus 1958.